1、假定核苷酸A,C,G,T被编码成数字(1,2,3,4),在该树第i层中一个顶点表示一个长度为i的核苷酸字符串
2、TOTALDISTANCE(v,NDA)表示一个给定的字符串動画与DNA中任意一组起始位点之间的汉明距离之和可能取到的最小值。
3、算法
BRANCHANDBOUNDMEDIANSEARCH(DNA,t,n,l)
s<-(1,1,...,1)
bestDistance<-∞
i<-1
while i>0
if i<l
prefix<-与(S1,S2,....Si)相应的核苷酸字符串
optimisticDistance<-TOTALDISTANCE(prefix,DNA)
if optimisticDistance>bestDistance
(s,i)<-BYPASS(s,i,l,4)
else
(s,i)<-NEXTVERTEX(s,i,k,4)
else
word<-与(S1,S2,....Sl)相应的核苷酸字符串
if TOTALDISTANCE(word,DNA)<bestDistance
bestDistance<-TOTALDISTANCE(word,DNA)
bestWord<-word
(s,i)<-NEXTVERTEX(s,i,l,4)
return bestword
分享到:
相关推荐
字符串提取(获取两个字符串中间的字符串) http://blog.csdn.net/isaced/archive/2011/01/24/6161259.aspx
C#批量删除字符串中间的字符串,输入开始字符串,结束字符串,点击删除按钮之后,获取新的删除后的字符串(开始字符串跟结束字符串不删除)
VBA正则提取A字符串之后B字符串之前中间的内容.txt
Delphi 7.0 提取字符串中指定子字符串后的字符串,这个平时在字符处理时候使用几率也挺高的,获取指定字符串后面的字符串,比如获取扩展名等也可以用此方法,本例中要用到After函数,测试时,当单击按钮时,执行以下...
C#字符串删除指定字符串|C#字符串删除子字符串
几个字符串处理函数增强版 常用需求基本都能完成 已经编译成DLL 函数列表 兼容字符和串 void revstr char str 字符串反转 int substring char res int pos int len char substr 从pos开始取len个字符到substr中 ...
易语言字符串操作源码,字符串操作,字符串_取长度,字符串_取中间,字符串_取左边,字符串_取右边,字符串_替换,到宽字符,到多字节,取文本数据地址,取字节集数据地址,MultiByteToWideChar,WideCharToMultiByte
给写了2个方法,一个是直接截取单个需要的字符串,比如字符串string a="ab123456",我只需要提取3,那么就是单独截取就可以了,从2开始到4结束就行。 第二个是把所有的符合条件的字符串都截取出来,提取出来,比如...
java 字符串转16进制 16进制转字符串 将两个ASCII字符合成一个字节; java 字符串转16进制 16进制转字符串 将两个ASCII字符合成一个字节; java 字符串转16进制 16进制转字符串 将两个ASCII字符合成一个字节; java ...
* 使用一个字符串分割另一个字符串 * * @param delimiter 边界上的分隔字符 * @param haystack 输入的字符串 * @param out 输出的字符串指针 * @return 分割成了多少个成员 */ int explode(char *delimiter, ...
自己输入一个字符串,字符串中可以包括字符和汉字,截取指定的字符串
编写程序:从键盘上输入一个包含10个字符的字符串,把该字符串与程序中给定的字符串("bacdbcabca") //依次比较,统计两个字符串对应字符相等的数目。然后输出从键盘上输入的字符串, //并把两个字符串中对应字符不...
字符串 介绍 字符串 介绍 字符串 介绍 字符串 介绍
之所以写这个,是因为发现SQL注入和XSS中经常利用十六进制表示的字符串,比如 SELECT CONCAT(0x68656c6c6f); 得到的是hello <!DOCTYPE html> <html> <head> <title>Hex-Char Bi-Converter&...
求两个字符串的最长公共字符串 输出全部位置信息,并输出字符串,相同字符串先输出所有位置信息在输出字符串 测试平台:XP/VS 2008 CN
纯C语言实现字符串拆分操作,把字符串拆分成字符串数组,然后再输出。 使用sstream方法,作为底层驱动操作实现非常方便。
必须实现如下操作,字符串比较、求串的长度、判断串是否为空、将串置空、字符串赋值(包括两个字符串类复制,一个字符串赋值到CmyString对象)、求字符串中的一个字符或改变字符串中的一个字符(采用重载[]),...
indexOf() 方法可返回某个指定的字符串值在字符串中首次出现的位置。如果要检索的字符串值没有出现,则该方法返回 -1。 方法二:match() var str = "123" var reg = RegExp(/3/); if(str.match(reg)){ //包含; } ...
一个关于字符串匹配的算法,已经经过编译,希望对你有帮助
串口接收字符串控制LED。通过STM32 串口1 接收字符串实现LED控制,程序通过判断\n识别字符串是否发送完成,所以串口调试助手上需勾选发送新行,发送LED1+ON点亮LED1,发送LED1+OFF关闭LED1